高岡軌道線は、1948年に富山地方鉄道が開業した伏木線（地鉄高岡 - 伏木港間）がルーツです。
1951年、国鉄 新湊線の旅客営業廃止に伴い 米島口 - 新湊（現・六渡寺）間が開業し、射水線を経由して地鉄高岡 - 富山市内軌道線西町間の直通運転が開始されました。
1959年、射水線、富山市内軌道線との直通運転は継続されたものの、高岡軌道線（地鉄高岡 - 新湊間）は加越能鉄道（1950年設立）に譲渡されました。
1966年、富山新港の建設により射水線が分断され、越の潟 以西（高岡側）の路線は加越能鉄道に譲渡されて新湊港線となりました。
2001年、加越能鉄道は新湊港線とともに高岡軌道線を廃止する意向を表明しました。
しかし、これを存続させるべく高岡市、旧新湊市が中心となり第三セクター会社「万葉線株式会社」を設立。
2002年4月に、新会社での運行を開始しています。
