国鉄時代末期、JR各社の車両運用を考慮した特急車両の配置見直しが行われました。
日本海縦貫線の「雷鳥」「白鳥」「北越」について JR東日本担当分は485系を9連×8本=72両とし、上沼垂運転区に集約することになりました。
( 配置: 青森運転所から5両、秋田運転区から18両、勝田電車区から3両、向日町運転所から45両、金沢運転所から1両の転入)
1988~90年にかけてグレードアップ改造が施工され、通称:上沼垂色が塗装されました。
編成内での車両の入替は頻繁に行われており 当初新潟方に組成されていたボンネット車も徐々に姿を消しました。
1997年 北越急行ほくほく線開業により 越後湯沢-金沢間の「はくたか」用にリニューアル改造の3000番台車を投入。
一方で「白鳥」運用はJR西日本に移管しました。
2001年には「雷鳥」運用もJR西日本に移管。大阪駅で上沼垂色の485系は見られなくなりました。
以後「いなほ」や「北越」などを担当することになり編成パターンも多様になっていきます。
ジョイフルトレインに改造されるものも現れました。これらは別タイトルでUPしています。